В конце 16, начале 17 века на берегу реки Шексны стояло село Рождественское. Рядом с переправой возвели деревянный храм святого Николая, покровителя путешественников, со вторым приделом Святой Троицы. Когда деревянный храм обветшал, его разобрали, а на этом месте начали строительство каменной церкви на средства прихожан и местного помещика Николая Диомидовича Панфилова. В 1789 году он был освящен в честь Рождества Христова. Одноглавый белоснежный храм с трапезной и колокольней, увенчанной шпилем, построен в классическом стиле. Он похож на корабль у берега Шексны.
В старину вокруг церкви было большое кладбище. С 18 века на погосте церкви по приказу Екатерины П хоронили жителей Череповца.
После революции земли церкви были национализированы; в 1919 году конфисковано имущество из драгоценных металлов. В 1930 собрания принимали резолюции: «Горсовету обратить особое внимание на закрытие всех церквей, особенно в Рождестве» 14 апреля 1931 года храм был закрыт. Разобрали ограду, сломали два яруса колокольни. Стесали с фасадов декор, с кладбища «на нужды индустриализации» изъяли чугунные кресты.
В советское время здание служило столовой, клубом, автошколой, гаражом, лесоторговой базой, складом. В 1989 году случился пожар... К началу 1990-х годов храм представлял собой обгоревшую руину.
Проект воссоздания храма был выполнен на основании историко-архивных материалов и сохранившихся фотографий, которые были предоставлены Череповецким музеем. Средства на восстановление собирали всем миром, но произошел обвал рубля... Помогли череповецкие предприниматели. Работы начались в 1992 году. Возводили храм строители акционерного общества «Шексна» (Москва). Сначаа предполагалось строить на старом фундаменте, уходившем в глубь на 6 метров, но по нему пошло огромное количество микротрещин, пришлось рушить и вывозить. Заканчивало возведение храма ОАО «Северсталь». Исправления в проекте разрабатывались инженерами УКС «Северстали» во главе с А.И. Самусь. Главным инженером проекта был сотрудник этого отдела В.А. Коряковский.
Под алтарем в крипте устроили второй престол Успения Пресвятой Богородицы, в котором находится большой мраморный баптистерий. Купола покрыли красной медью, приобретенной на средства мэрии. 22 сентября 1995г. возвели купол колокольни. 22 июля 1996г. подняли кресты. Самый большой колокол для храма отлит в 1995 году в Воронеже на средства генерального директора «Северстали» Ю.В. Липухина. Иконостас храма выполнен мастерами Троице-Сергиевой лавры по классической схеме.
Освящение храма состоялось 18 июля 1997 года.