Комитет по строительству обители собрался в Царицыне 16 мая 1903 г. Его почтил своим присутствием епископ Саратовский и Царицынский Гермоген (Долганов). Задумав создать здесь собственное подворье, Владыка Гермоген приобретает на так называемой Сибирь-горе квартал № 771, ограниченный улицами Онежской (с северо-запада), Ладожской (ныне маршала Рокоссовского с юго-востока), Печерской (Чапаева с юго-запада) и Невской (пр. Жукова с северо-востока). Его огораживают забором и возводят небольшую летнюю церквушку размером 12 м. на 12 м., рассчитанную на 100 человек, и домик пономаря "три шага длины, да полтора ширины", как вспоминал живший в нём первое время Илиодор. Церковь, вероятно, строилась по плану тогдашнего епархиального архитектора А.М. Салько. К 1 марта 1908 г., когда к нам перебирается иеромонах Илиодор, уже известный своими патриотическими и даже антиправительственными выступлениями, храм так и не был освящён.
Сам Илиодор (С.М. Труфанов) родился 7 октября 1880 г. на Дону в хуторе Большом станицы Мариинской в семье дьякона, был прекрасно образован - закончил Санкт-Петербургскую Духовную Академию, преподавал в Ярославской семинарии. В 1904 г. он становится соредактором тонкого журнала "Почаевский листок" (Почаевская лавра на Волыни была известным центром черносотенного движения), а в 1906 г. и газеты-приложения к нему "Почаевские известия".
"Этот удивительный человек, почти юноша, с нежным, красивым, женственным лицом, но с могучей волей, где бы он ни появился, сразу привлекает к себе толпы народные, - пишет о нём "Почаевский листок". - Его страстные, вдохновенные речи о Боге, о любви к царю и отечеству производят на массы глубокое впечатление и возжигают в них жажду подвига". У В.И. Ленина имя Илиодора превращается в нарицательное, как символ черносотенца. Как бы то ни было, он представлял собой прекрасного организатора и популиста, владеющего энергией масс. Заместитель министра МВД П.Г. Курлов называл его "духовным карьеристом".
Молодой иеромонах сразу приобретает среди царицан огромную популярность, церквушка не вмещает молящихся, и он велит построить деревянный помост, с высоты которого и ведет пасхальные службы. Прекрасный оратор, приветливо относящийся к прихожанам, Илиодор назначается епархиальным миссионером. Он носит посох в виде жилистого кулака, сжимающего крест. Духовенство же принимает новичка в штыки, уже тогда сумев разглядеть в нём авантюриста и властолюбца. С 28 июля по 3 августа 1908 г. горожан вновь посещает его покровитель Гермоген, торжественно встречаемый процессией во главе с Илиодором. Ограда обители была вся увита венками, а в центре напротив алтаря соорудили 3 триумфальные арки из живых цветов. Владыка подарил иеромонаху иконы Казанской Божией Матери, преп. Серафима Саровского и св. вмч. Пантелеимона с мощами.
Вероятно, тогда и решается вопрос о расширении храма и включении его в сложную архитектурную композицию. Авторство проекта принадлежит Илиодору и епархиальному архитектору Василию Игнатьевичу Петропавловскому, ставшему на этот пост в октябре 1908 г. Поистине народная стройка развернулась в ноябре 1908 г. на пожертвования верующих, помогавших и рублём, и трудом, и материалами, и была закончена в 1-й половине 1911 г. По воспоминаниям старожилов, возле места постройки была выкопана глубокая яма, куда Илиодор призывал бросать деньги, вскоре наполнившие её до краёв.
Обошедшийся в 300000 руб., монастырь приобрёл благодаря своему строителю вид древних обителей и всероссийскую славу. Современники оценивали его стоимость в миллион рублей и более. Храм Святого Духа расширяется - к летней церкви с запада пристраивают тёплую зимнюю размером 34 м. на 23 м. Теперь в нём вмещалось до 6000 человек. Главный вход находился с западной Онежской улицы и увенчивался шатровой колокольней.
Сам монастырь был трёхэтажным. В нижнем этаже к северу от храма выделялось место типографии, восточный корпус служил для гостиницы с наружным входом, южные - для аудиторий. Северный корпус включал школу, рукодельную и кельи. Второй этаж имел выходы на хоры летнего храма. В первом этаже юга располагались братская кухня с кладовыми по сторонам, а помещения нижнего этажа с 3-х сторон предназначались для странноприимного дома, богадельни и призрения бедных. Второй и третий этажи половины южного и всего восточного корпусов отводились под огромную трапезную с круглыми окнами с одной стороны, и большими прямоугольными с другой.
От трапезной направо шли в 2 этажа помещения для архиерейских покоев, занимая и половину южной стороны. Они имели выход к западной двери храма. Также эти этажи занимались монахами и были рассчитаны на 180 человек. Они имели вход из общего коридора, окна их келий выходили на церковный двор и храм. Южный корпус длиной в 100 м. вмещал, таким образом, аудиторию в 40 м. длины, рабочие мастерские, келию настоятеля, кухню и несколько келий монахов. На его 2 этаже по сторонам коридора располагались кельи. Келья Илиодора состояла из 3 небольших комнат и отличалась подчёркнутой аскетичностью - стол, 2 стула, лежанка, книги. Из каждого этажа вёл особый выход на деревянную лестницу во двор.
Сперва корпуса отапливались центральным водяным отоплением, но после 1911 г. оно ломается и монастырь переходит на печное. Пространство между церковью с северной стороны и зданиями составляло правильную четырёхугольную площадь на 10000 человек. С юга от храма, как и с севера, простиралась малая площадь для отдыха братий с цветником, фонтаном и бассейном посредине.
Вокруг обители с завершением постройки сразу подорожала земля под частные дома с 50 до 3000 руб. У самого же монастыря земли или крупных капиталов не было. Община просила дать им обширную площадь, тянущуюся в сторону Волги, под сады, но городская дума решила отвести её под торговые заведения. У стен монастыря многие квартиры снимали паломники. Самодеятельный художник пишет огромные картины на темы из истории России, которые устанавливались на специальные носилки, влекомые 20-30 носильщиками. На торжествах они словно плыли по воздуху, иллюстрируя проповеди Илиодора.
На 1911 г. в братии числилось 3 иеромонаха, хор певчих из 10 послушников, 4-5 монахов. Илиодор ввёл общее пение на службах, объяснял народу значение священнодействий. На богослужения, особенно праздничные, приходили до десятка тысяч православных. Литургия длилась до 4 часов, но и после неё не уходили, слушали Илиодора, и шли с пением тропарей к выходу. Но через 1-2 часа вновь собирались верующие на беседы с ярым проповедником. Он имел влияние даже на разбойников Вор-горы. Как описывают очевидцы служений Илиодора, на его акафистах в руках у людей горели мириады свечей и храм напоминал звёздное небо. Учил этот иеромонах и детей, занимался с детьми типографских наборщиков, готовясь основать собственную типографию. Планирует Илиодор и выпуск своей газеты "Гром и молнии". 15 августа 1911 г. под его руководством царицане жгли "гидру революции", сплетённую из соломы, длиной в 3 сажени с огненными крыльями, зубами и жалом. В овраге у монастыря ей зачитались её вины из 7 смертных грехов. После состоялось угощение из колбасы, кваса, конфет и винограда - столы накрывали на 900 человек. А 17 сентября 1911 г. от иконы Богоматери происходит чудо истечения крови. Эксперт из Государственной Думы Розанов сомневается в действительности чуда, начинаются споры и драки.
Помогает святая обитель нуждающимся и погорельцам на тысячи рублей. Для себя она просила во владение площадь под монашескую усыпальницу, но городская дума опять отказала. Тогда 27 сентября 1911 г. Илиодор начинает рыть пещеры и молит прихожан о пожертвовании провианта рабочим. Сотни добровольцев вносят свой вклад, тонны земли летят в овраг. За 4 дня до 1 октября весь двор и всё вокруг покрылось канавами до 3 саженей глубиной и 2,5 аршин шириною. Ходы уходили под храм и остальные корпуса, одни усыпальницы были рассчитаны на 5000 человек (включая сюда в награду и самих пещерокопателей). Над заполненной нишей усыпальницы писали имя захороненного и вешали лампаду, поддерживая "неугасимый огонь". Подземелья обкладывались кирпичом, под потолком делались своды. Планы их держались в секрете.
Харизматический настоятель оказывал на Царицын немалое влияние, участвуя во всех событиях провинциальной и даже столичной жизни. В 1911 г. по благословению епископа Гермогена Илиодор посещает Петербург для поисков украденной Казанской иконы Богородицы (он подозревает в воровстве Распутина, с которым уже поссорился). Он планировал выстроить у монастыря храм, превосходящий вместительностью московский храм Христа Спасителя (по новому проекту реконструкции он должен был вмещать ещё на 1000 человек больше). Также он отправляет председателю Государственной Думы Акимову телеграмму, где клеймит Л.Н. Толстого как "великого духовного разбойника и богохульника", от имени совета Царицынского православного общества протестует против соболезнования городской думы семье Толстого по случаю его смерти. Иеромонах пишет обличающий писателей труд "Победа истинно православных людей над дьяволом". Илиодор ругает мусульман и лютеран, интеллигентов и купцов, журналистов и драматургов. Либеральная местная пресса осуждает Илиодора за этот шаг. Оскорбляет он и гласных Думы.
После ссоры с Распутиным, лишившийся поддержки при дворе Илиодор, по приказу П.А. Столыпина 20 января 1911 г. направляется настоятелем в Новосильский Свято-Духов монастырь Тульской епархии. Но, через 3 недели без разрешения Синода, мятежник возвращается в Царицын, и целых 20 дней находится в осаде в монастыре. Громадная толпа вместе с ним объявляет голодовку. Его единомышленники - родные братья Аполлон и Михаил, послушник Савва, монахи Порфирий и Гермоген, священник Л. Благовидов, пристав Н.В. Попов - готовы вступить в бой. С большим трудом удалось избежать кровопролития. Под влиянием Владыки Гермогена собрание Царицынского духовенства просит Царя простить Илиодора. Распутин также, вероятно, в своих целях, прощает его. Император Николай II разрешает ему вернуться в Царицын, удостаивает его аудиенции и даже обещает сделать иеромонаха митрополитом. Империатрица дарит ему для раздачи в народе 30000 образков и крестиков.
Прибыв к нам, Илиодор вновь клеймит социалистов и молодёжь, проповедует на канонерских лодках и среди заводских рабочих, неприязненно встречает опять посетившего Царицын Распутина и готовится к паломничеству по Волге. В июле братья Труфановы (Илиодор и Аполлон) с толпой почитателей плывут в г. Саров на пароходе "Великая княжна Ксения". Это путешествие сопровождалось многими случаями хулиганства. Сторонники иеромонаха разгуливают по Царицыну, водрузив на древко скрещённые копьё и топор. Потеряв поддержку "старца", Илиодор вместе с телохранителем Саввой из послушников, вооружённым секирой и револьвером, едет в Москву, чтобы восстановить своё влияние среди знати. Ходят слухи, что его выдвинут кандидатом в депутаты Государственной Думы от крайне правых. Газеты пишут о готовящихся еврейских погромах. Экстравагантный иеромонах начинает создавать собственный культ: "Есть неоспоримые факты, что я, живя среди вас, совершал чудеса, исцелял больных, предсказывал события на многие года вперёд...". Илиодор вручает бывшему председателю Государственной Думы М.В. Родзянко письма царицы и её дочерей к Распутину, интригуя против "старца".
После попытки неудавшегося свержения Распутина в конце 1911 г. епископ Гермоген и Илиодор на время исчезают из поля зрения публики. Они ссылаются - первый в Жировицкий монастырь Гродненской епархии, а второй - во Флорищеву пустынь Владимирской. Но в действительности он живёт на своей родине - х. Большой Области Войска Донского вместе с небольшим числом почитателей и гражданской женой Надеждой Александровной Перфирьевой. Здесь по утрам его встречают фразой: "Здравия желаю, Ваше императорское Величество!". Построенный ему дом называют "Новой Галилеей". Стены его украшают портреты Лютера и Л.Н. Толстого. Переодевшись в женское платье, Илиодор 2 июля бежит из хутора.
Между тем, за время отсутствия Илиодора в монастыре происходит множество событий. Братия обители набирается вновь. Заведующим "Царицынским монастырским подворьем" с 23 января по 6 марта 1912 г. состоит иерей Строков Александр Петрович, в июне 1913 г. назначенный председателем комитета по постройке (вероятно, расширению) тёплого зимнего храма при Свято-Духовом монастыре. В апреле 1912 г. подворье преобразовывается в мужской монастырь. Игуменом Свято-Духова второклассного монастыря в 1912 г. становится известный просветитель народов Крайнего Севера Иринарх (Шимановский), 1873 г. рождения, из дворян, окончил Новгородскую духовную семинарию и принял постриг в 1897 г., в 1898 г. отправлен в Абдорскую миссию, а в 1910 г. пребывал епархиальным миссионером в Твери. О нём вспоминают как о добром и очень доверчивом, но любящем прихвастнуть своей учёностью. У нас его приняли молча и без особой радости. Сторонники Илиодора стали собирать всяческие сведения о нём, желая нажаловаться в столицу. В свою очередь Иринарх ругает бунтовщика-монаха, хочет удалить из числа братии наиболее фанатичных илиодоровцев, запрещает им проповедовать, не пускает в монастырь мирян. В итоге появляется множество недовольных, и его переводят начальником Сеульской миссии. После, служа в Туркестанской епархии, он гибнет от рук восставших киргизов где-то в 1917-1918 гг.
Желая изгладить память об Илиодоре, духовные власти преобразуют монастырь в женский осенью 1912 г. В 1914 г. настоятельницей временно являлась послушница Пелагея (Липовская). Известна и фамилия ещё одной монахини или послушницы - Платова. В 1915 г. обитель числится архиерейским подворьем. В 1916 г. она вновь известна как женский монастырь под руководством игумении Павлы.
В конце 1912 г. бунтарь отрекается от монашеского сана, от церкви и бежит за границу. Почитательница Илиодора 28-летняя портниха Хиония Кузьминична Гусева 29 июня 1914 г. покушается на жизнь Распутина, ранив его ножом в живот. Архиепископ Американский Евдоким рассказывает, что в побеге за рубеж расстриге помогают революционеры, в частности побег в Финляндию летом 1916 г. организовал Керенский, нарядив Илиодора в женское платье. Илиодор находится в Норвегии и позднее в одной еврейской семье Нью-Йорка. О последнем месте его пребывания сообщает архиепископ Евдоким, в миссию к которому прибывает по её словам "жена" Илиодора богомолка Царицынского монастыря из крестьян, якобы имеющая от него 2 детей. Возможно, это была Х. К. Гусева, действительно мать 2 сыновей (но, скорее всего, не от Илиодора, т.к. в 1919 г. дети её уже были красноармейцами, а расстрига появился в Царицыне лишь в 1908 г.). Она, фактически, шантажирует Российское правительство, передав через Владыку Евдокима известие о начале публикации по контракту (ценой в 50000 долларов) в американской прессе документов о деятельности Распутина, порочащих царскую семью, министров и Синод. Гусева сообщает, что честь России могут спасти 25000 долларов. Русскому посольству удалось перехватить у мошенников, окруживших Илиодора, ряд писем царской фамилии к Распутину, подаренных тем Илиодору, и сорвать контракт с американскими газетами. Но бумаги печатает тамошние русская, еврейская пресса, европейские газеты. Илиодор читает весьма посредственные лекции в Нью-Йорке, Чикаго, других городах и с треском проваливается. Тогда он приступает к инсценировке своей книги для кинопьес, пытаясь купить необходимые священнические облачения в миссии, но его выгоняют. Авантюрист всё же оказался неплохим режиссёром и постановщиком и сумел заработать на показе пьесы 25000 долларов. Но такая нервная жизнь за границей оказалась тяжела и Илиодор просит архиепископа Евдокима помочь ему с покупкой уединённой фермы. Тот присматривает Илиодору ферму вблизи Свято-Тихоновского монастыря, основанного самим Владыкой Тихоном в бытность его архиепископом Американским. Там в лице настоятеля Илиодор встречает старого знакомого по Свято-Духовскому монастырю Тульской губернии, куда он сам ссылался из Царицына настоятелем. Но покупка не состоялась, его опять захватила стихия борьбы.
В Россию Илиодор возвращается летом 1917 г., сразу попадая в гущу политической жизни. Он публикует в прессе отрывки своей книги о Распутине "Святой чёрт", налаживает связи с большевистскими лидерами и органами ВЧК, став по сути первым обновленцем. Дальнейшие его действия укладывались в русло "церковной политики" коммунистов, стремящихся развалить Московскую Патриархию изнутри. Собрав вокруг себя приверженцев, Илиодор требует возврата им монастыря и выселения монахинь (сам он проживает в доме гражданки Гусевой на Балтийской улице). Он хочет создать на его базе сельскохозяйственную "Коммуну Вечной Истины" из 100 крестьянских семей. Игумения Павла же считает, что никаких прав на обитель илиодоровцы не имеют и, следовательно, должны отказаться от всяческих притязаний. Но те угрожает монахиням, готовятся к самозахвату помещений, спекулируют на классовой тематике. Монастырь на время спасла начавшаяся гражданская война, т.к. мятежный иеромонах бежит в Москву, где и угодничает перед новой властью. Здесь происходит трагическое событие, несомненно, связанное с ним - покушение на Патриарха Тихона на ступенях храма Христа Спасителя 29 июня (по старому стилю, в Петров день) 1919 г., к счастью неудавшееся. Первосвятитель, несмотря на ранение, даже служит литургию в храме. Покушавшаяся - та же царицанка Хиония (Пелагея) Гусева, ранее пытавшаяся убить противника Илиодора "старца" Г. Распутина, определяется "психически невменяемой". Сам интриган бежит в с. Кислово (сейчас Быковский р-н нашей области), куда налаживается целое паломничество верующих из г. Николаевска, считавших Илиодора чудотворцем и целителем. Весной 1921 г. он вновь появляется в Царицыне и просит отвести его религиозной коммуне монастырский храм и 3 комнаты. Он получает просимое, и селит здесь коммуну "Вечный мир" - 6 семей из Николаевского уезда плюс городские авантюристы и сумасшедшие. Опять Илиодор призывает к восстановлению живой церкви Христа, но уже на коммунистических началах, а весной 1922 г. демонстративно отдаёт всё оставшееся у обители небогатое имущество (в основном иконы, лампады, медную и мельхиоровую утварь, и лишь несколько серебряных вещей) в фонд помощи голодающим (одновременно распродав часть имущества и присвоив деньги). При этом он клевещет на остальное духовенство, обвиняя его в бездушии и жадности (хотя все храмы Царицына и губернии участвуют в спасении нуждающимся). Илиодор, почуя себя в своей стихии, примыкает к обновленцам. По слухам, побывал он и роли организатора колхозов, оставив селян без копейки. В мае 1922 г. осознав бесперспективность заигрываний с жестокой властью Илиодор наконец бежит из Царицына в неизвестном направлении и позже всплывает в Берлине, а затем и в США, где по слухам работает швейцаром. Крестьяне из Николаевска, приглашённые Илиодором, образуют артель "Люди труда", остальная община формально самораспускается, но на деле существует, даже образуя хор (об этом говорят партийные документы 1931 г.).
Большая часть монастыря реквизируется большевиками ещё после революции в 1918 г. Какое-то время здесь располагается детский дом, но средств на ремонт и эксплуатацию здания не выделялось и оно ветшало. В 1923 г. обитель прикрыли, отдав здания комсомольской коммуне. В 1929 г. его собор отвели под читальню и кинотеатр на 400 мест с 3 туалетами и фойе. В 1931 г. в корпусах размещается студенческое общежитие пединститута на 200 человек. Но игумению Павлу не выгоняют, она ютится отдельно от других жителей.
С наступлением военного времени в обители заработали ремонтные мастерские. С приходом немцев в Сталинград многие жители прячутся от бомб в катакомбах монастыря, где их окормляет игумения Павла. Она учит людей молиться, переписывает с ними молитвы, скручивает из тряпочек свечи. Фашисты не трогают собравшихся в обители, и, уже пережив страшные бои, верующие расходятся отсюда, унося с собой иконы. Одна из икон Божией Матери, молитвослов, Псалтирь, молитвы на бумажных листах, - всё это представлено сегодня в экспозиции музея-панорамы "Сталинградская битва".
Уже после войны в 1950-х годах военными железнодорожного полка, размещёнными здесь, сносятся устаревшие корпуса и храм. Вместо них на оставшемся фундаменте возводятся трёхэтажные здания. Сохранились до нашего времени лишь остатки кирпичной кладки цокольной части алтаря храма под новыми строениями, и в подвале - кладка восточной стены келий и церкви. Катакомбы были засыпаны строительным мусором.
С открытием Волгоградской епархии в 1990 г. и прибытием сюда Архиепископа Германа (Тимофеева) начинается активная работа по возрождению Православия на Волгоградской земле. Заново открыт Свято-Духов мужской монастырь, начинают работать Царицынский Православный Университет им. Сергия Радонежского и Духовное училище при нем.