Софийско-Успенский собор строился с 1683-1686 года и является одним из самых старых храмов Западной Сибири. По данным архива закрыта Соборная церковь Успения Божией Матери была на основании: Протокола Президиума Г.С. №54 от 15/11-1930 г. и протокола заседания Президиума Округа №93 от 15/11-1930 г., этот документ был принят задним числом, спустя долгое время после закрытия.
В начале 30-х годов собор принадлежал организации "Союз-хлеб" и использовался как зерновой склад вплоть до начала Великой Отечественной войны. Затем здание собора долгое время пустовало, известно, например, из документа 1945 года, что: "Здание (собора)...не эксплуатировалось (сверху машинописи от руки написано " с 1920 г. по прямому назначению"), а временно было использовано под склад зерна и в течение последних пяти лет остается свободным". Бесхозный собор оставался еще долгое время и постепенно начал разрушаться.
В 1961 году здание собора было передано образовавшемуся в Тобольске музею-заповеднику с последующей реставрацией под музей.
К 1980 году в соборе был проведен капитальный ремонт, как сообщает один из советских документов. Но полная реставрация не была закончена даже к 1986 году. В "Информации об использовании культовых зданий по городу Тобольску..." представленной Уполномоченному Совета по делам религий при СМ СССР по Тюменской области тов. Замятину Н.Я. показано, что Собор находится на реставрации и только планируется "завершить реставрационные работы".
Совет Покровского собора обращается к председателю по делам религий при Совете Министров СССР тов. Харчеву К.М. с просьбой о передаче Церкви Софийского собора. В этом обращении говорится: "Из газет, передач радио и телевидения мы знаем, какое внимание теперь уделяет наше Правительство к бережному отношению к историческому наследию нашего города, сколь остро ведется борьба с бесхозяйственностью и равнодушием.
Вот и в Софийском соборе уже свыше десяти лет ведутся ремонтно-реставрационные работы, конца которым не видно, собор постоянно в лесах. Даже если ремонт и будет окончен, реставрация внутреннего убранства, без сомнения затянется на долгие годы. Многочисленные туристы, приезжающие в наш богатый исторический город со всех уголков Отечества не могут наслаждаться этим выдающимся памятником. Четырехсотлетний юбилей города собор встречает в плачевном состоянии. Нам это горько. Единственное, что украшает его, - покрытые позолотой купола. Позолота была осуществлена при долевом участии Омско-Тюменской епархии в сумме 70000 рублей. Деньги перечислялись на текущий счет Музея-заповедника г. Тобольска в 1978-79 гг.
Мы обращаемся к Вам, глубокоуважаемый Константин Михайлович, с убедительной просьбой: поддержать наше ходатайство о передаче Софийского собора православной общине города Тобольска.
Обязуемся быстро и качественно повести восстановление его и благоустройство близлежащей территории... К сему прилагаем подписи на 7 листах...".
28 марта того же 1987 года в Тюменский обком обратился архиепископ Омский и Тюменский Феодосий с просьбой вернуть собор законному владельцу, то есть Русской Православной Церкви.
«В настоящее время, - писал Владыка, - собор находится в полуразрушенном состоянии, хотя его реставрация длится уже более десяти лет. Уместно добавить, что на реставрацию собора за это время Епархиальным управлением было отпущено 70000 рублей. Мы обязуемся без промедления приступить к реставрации и вернуть памятнику архитектуры первозданный облик».
На эту просьбу Владыки Председатель Тюменского горисполкома Елфимов А.Г. ответил отказом, впрочем, с предложением "выделить для православной общины здание памятника архитектуры XVIII века церковь Крестовоздвижения", мотивируя свой отказ следующим рассуждением: "Софийско-Успенский кафедральный собор - памятник архитектуры XVIII в., входит в состав Тобольского историко-архитектурного музея-заповедника. На его реставрацию затрачено свыше 600 тысяч государственных средств. В северном приделе собора расположен единственный в городе выставочный зал. Основной объем собора после завершения реставрационных работ планируется использовать под музей древнерусской живописи".
Несколько позже в облисполком пришла бумага из Совета по делам религии при СМ СССР за № 4432 от 30.12.87 г. С повелением разобраться относительно заявления прихожан Покровского собора за № 32 от 5.03.87 г.. «В январе 1988 г. Уполномоченный Совета по делам религии тов. Замятин Н.Я. встретился для беседы по этому вопросу с настоятелем Покровского собора А.И. Пивоваровым, на которой присутствовали: архиепископ Омский и Тюменский Феодосий - управляющий Епархией, благочинный церквей Тюменского округа Ф.М. Олексюк, протоиерей А.К.Сидоренко и другие священнослужители". Причем тов. Замятин сумел "убедить" служителей Алтаря в несвоевременности таких заявлений, да еще прямо в Москву. "Было отмечено, что сегодня помещения покровского собора, где проходят все службы вполне удовлетворяют потребности прихожан, тем более, что число их в 1987 году сократилось и нет необходимости в расширении площадей. Священнослужители с этим согласились...".
Некоторое время спустя, в "доверительной" беседе с уполномоченным Архиепископ Феодосий снова подает прошение в исполком о передаче Софийского собора.
«Глубокоуважаемый Аркадий Григорьевич! - написал Владыка 13 октября 1988 года, - Имеем почтительный долг вторично обратить Ваше внимание на наше прошение о передаче нам для нужд Омско-Тюменкой епархии Софийского собора - этой жемчужины древнего церковного зодчества, находящейся в состоянии разрушения. После незамедлительных ремонтно-реставрационных работ. Этот собор - Святыня всей Сибири, будет использоваться совестно с музеем, как это имеет место в таких выдающихся храмах, как Троице-Сергиева Лавра, Владимирский собор, Смоленский собор и другие". Причем архиепископ указывает и возможный распорядок работы собора: "Церковные службы в этом соборе будут совершаться в большие праздники и воскресные дни и, тогда мог бы быть следующий распорядок:
8.00-11.00 - Церковная служба
11.30-16.30 - посещение Собора экскурсиями и туристами (вход платный, в пользу музея) 17.00-20.00 - вечернее Богослужение". На эту просьбу управляющего епархией Тобольский исполком, видя совершенную возможность светских структур восстановить собор, ответил следующим "Заключением": "Исполнительный комитет...рассмотрел обращение архиепископа Омской и Тюменской епархии о передаче православной общине Софийско-Успенского собора для реставрации и в дальнейшем для эксплуатации данного памятника архитектуры совместно с Тобольским государственным историко-архитектурным музеем-заповедником.
Исполком считает возможным передачу Софийско-Успенского собора Русской православной Церкви для совместной эксплуатации с музеем".
Этот документ был принят 27 января 1988 года, а через три месяца 26 апреля вопрос о передаче обсуждался в Москве на заседании Совета религии при Совете Министров СССР. Выписка из протокола № 5 заседания Совета гласит:
"Слушали: Представление исполнительного комитета Тюменского областного Совета народных депутатов от 13.03.89 г. №3/120 и предложение Совета по делам религии при Совете Министров СССР от 13.04.98 г. № 502 о передаче здания бывшего Софийско-Успенского собора в г. Тобольске православному религиозному обществу.
Постановили: Разрешить передачу здания бывшего Софийско-Успенского собора в г. Тобольске Тюменской области зарегистрированному в г. Тобольске религиозному обществу Русской Православной Церкви для использования в молитвенных целях".