Нилова пустынь находится на острове Столбный на озере Селигер и частично - на полуострове Светлице.
Остров Столбный был необитаем до 1528 г., когда на нем поселился отшельник Нил. Первую зиму прп. Нил провел в вырытой им на острове пещере. На следующий год преподобный построил келью и часовню для молитв. 27 лет провел прп. Нил на острове, неустанно молясь, не позволяя себе даже прилечь. Для кратковременного отдыха он облокачивался на деревянные крюки, вбитые в стены кельи. Скончался прп. Нил 7 декабря 1555 года.
Святая жизнь его на острове и чудеса от нетленных мощей его, последовавшие вскоре после прославления преподобного, послужили причиной для основания на острове монастыря, а имя преподобного дало название обители. Основателем обители стал иеромонах Герман из ближнего Рожновского монастыря. К нему вскоре присоединились многие, желавшие подвизаться под его руководством и начавшие строить деревянные кельи. Иеромонах Герман испросил у патриарха Иова разрешение устроить на острове обитель с общежительным уставом. Благодаря покровительству и вкладам московских царей, обитель начала вскоре разрастаться и процветать, но с 1764 г. обитель числилась за штатом.
В начале века пустынь могла быть причислена к одним из красивейших в России. Посреди обители находится величественный собор в честь Богоявления Господня с двумя престолами. В соборном храме открыто покоились мощи прп. Нила.
В обители были также храм во имя Всех Святых (больничный, бывший соборный), храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы и св. Иоанна Предтечи, построенный над пещерой, которую преподобный, придя на остров, выкопал своими руками и в которой жил первое время.
Ежегодно 27 мая праздновалось обретение мощей прп. Нила.
К обители была приписана Новосоловецкая пустынь, находившаяся на острове озера Вселуцкого.
Монастырь передали Русской Православной Церкви в 1990 году, а до этого, как и во многих других российских обителях, в нем царила мерзость запустения. До войны это была колония для несовершеннолетних преступников, а в 1939-40 годах сюда перевезли более шести тысяч польских заключенных, служивших в основном в полиции и войсках МВД. Все они были впоследствии расстреляны. Сейчас в память о них при въезде в монастырь установлена мраморная плита, украшенная военным крестом "Виртути милитари", с надписью на польском и русском языках.
После "ликвидации" поляков братские корпуса отдали под военный госпиталь, а по окончании войны здесь устроили сначала дом престарелых, а затем турбазу, и наконец здания передали организации "Нефтегаз".
Чтобы соединить остров с "материком", взорвали храм Покрова и Иоанна Предтечи, воздвигнутый в свое время на том самом месте, где преподобный Нил Столобенский в шестнадцатом веке выкопал себе пещеру. Из груды кирпича, оставшейся после взрыва, соорудили дамбу.
Монастырь вновь открыт в 1991 г.
Сейчас это один из самых оторванных от мира монастырей России. Лишь по пятницам и выходным дням ходит в эти места автобус из Осташкова, привозит немногочисленных прихожан. Жители окрестных деревушек с былинными названиями - Светлица, Жар, Святое, Троеручица - редко навещают островной монастырь. И братия привыкла совершать богослужения без мирян, в уединении.
В день 330-летия обретения мощей преподобного Нила Столбенского (в 1997 г.) в монастыре был отслужен праздничный молебен. По окончании Божественной литургии, которую совершил архиепископ Тверской и Кашинский Виктор в сослужении многочисленного духовенства епархии, наместника и братии монастыря, вокруг обители по свято соблюдаемому обычаю прошел в этот день крестный ход с мощами и иконой преподобного Нила. А накануне по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II состоялась торжественная церемония установления и освящения памятного знака-креста на месте разрушенного во время большевистских гонений храма во имя Покрова Божией Матери.