Рождество-Богородичный Санаксарский монастырь основан в 1659 году в царствование Алексия Михайловича в трёх верстах от уездного города Темникова, на левом берегу реки Мокши. Место под будущую обитель дал житель города Темникова дворянин писец Лука Евсюков, пригласивший из Старо-Кадомского монастыря первого строителя и настоятеля игумена Феодосия, построившего в 1676 году, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Иоасафа II, первый храм обители в честь Сретения иконы Божией Матери Владимирская.
Название свое монастырь получил от расположенного под его стенами небольшого озера Санаксар (что на местном наречии означает буквально: «лежащее в болотистой ложбине у возвышенности»). Просуществовав около ста лет, Санаксарская обитель от недостатка средств и братии запустела и была приписана к Саровской пустыни, в самую цветущую её пору.
Период роста и расцвета обители связан с именем преподобного старца Феодора Ушакова - великого подвижника второй половины XVIII века. Молитвами и трудами преподобного Феодора монастырь уже при его жизни приобрёл общероссийскую известность. Славился он строгостью уставного богослужения, особым аскетическим духом, воздержанием и добродетелями обитающих в нём пустынножителей.
7 марта 1765 года Высочайшим указом велено было Санаксару именоваться монастырем.
Наряду с Саровом Санаксарский монастырь был в те годы духовным центром России, имел много сановитых почитателей в Санкт-Петербурге и Москве.
Трагические события XX века не обошли стороной и Санаксар: монастырь был закрыт, монахи разогнаны, благолепие храмов осквернено и изуродовано.
В 1991 году Санаксарская обитель была возвращена Русской Православной Церкви, и 26 мая 1991 года, в день Святой Троицы, наместник монастыря архимандрит Варнава совершил первую Божественную Литургию.
К 2000-му году в монастыре было уже более 90 человек братии. Ежедневного в соборном храме по монастырскому уставу совершается богослужение - основа жизни обители. Восстанавливаются жилые корпуса, реставрируются храмы.
Свои последние годы в обители провёл известный старец схиигумен Иероним (Верендякин).