Первую деревянную греческую церковь построили здесь в 1796г. С 1826г. в Свято-Троицкой церкви находилась греческая гимназия. В 1868г. старую церковь разобрали и на том же месте построили новое, более просторное здание по проекту архитектора И.Ф.Колодина.
С 1996г. в Свято-Троицком соборе находится святыня не только города, но и всего Крымского полуострова - мощи святителя Луки (В.Ф.Войно-Ясенецкого), а также чудотворная икона Божьей Матери «Скорбящая».
Обителью Свято-Троицкий женский монастырь стал недавно в начале 2003г., до этого был кафедральным собором.