Согласно церковным легендам, Ульяновский монастырь как пустынь во имя Спаса Нерукотворного Образа основан Стефаном Пермским в конце XIV в. Пустынь была построена с целью распространения христианства на Верхней Вычегде. В Усть-Куломском районе Республики Коми существует придание, что местность, на которой стоит монастырь, получила название в честь некоей девицы Ульянии. Во время набегов угров из-за Урала она якобы утопилась в Вычегде, не пожелав попасть в руки врагу. Напротив места ее гибели и был построен монастырь.
В 60-е годы XVII в. московский священник Федор Тюрнин (в иночестве Филарет) вместе с четырьмя сыновьями (Гурием, Стефаном, Никоном и Иваном), давшим впоследствии обет монашества, возобновил деятельность Спасской Ульяновской пустыни. В 1667 г. была построена деревянная церковь во имя Спаса Нерукотворного Образа, колокола и иконы, для которой были привезены из Москвы.
В первой половине XIX в, деревянные церкви, построенные в. конце XVII в., пришли в ветхость, и на их месте в 1858 г. была построена новая церковь с двумя престолами: во имя Нерукотворенного Образа Христа-Спасителя и во имя Похвалы Пресвятой Богородицы.
Священный Синод объявил сбор пожертвований на строительство Ульяновского монастыря по всей России в течение десяти лет (1866-1876 гг.). Явление иконы, части святых мощей, различного рода слухи об излечении от прикосновения к святым предметам - все это увеличило приток богомольцев в монастырь. Ежегодно число поклонников доходило до 5 тыс. человек. Монастырь посещали в основном крестьяне Усть-Сысольского, Яренского и Печорского уездов. Доход монастыря от пожертвований и различных сборов в 1901 г. превышал 14 тыс. рублей. Монастырское хозяйство также приносило большую прибыль. С 1875 г. монахи стали разводить молочный скот холмогорской породы и уже в конце 80-х годов XIX в. у них насчитывалось до 40 коров. Кроме того, в монастыре имелось до 20 лошадей. Для содержания скота были построены каменный скотный двор и деревянная конюшня. Сена накашивали до 7500 пудов. Монастырь владел 2 мельницами, кирпичным заводом, мастерскими по изготовлению одежды и обуви.
В 1878 г. была построена водокачка с паровым двигателем. Монахи развивали огородничество, рыболовство. Соловецкие монахи, среди которых находился архитектор-самоучка Феодосии, коми по национальности, развернули бурную деятельность по строительству монастыря.
В 1869-1875 гг. был сооружен двухэтажный каменный пятиглавый Троицкий собор (собор построен по проекту Губернского архитектора А. Иваницкого).
На верхнем этаже располагался бронзовый престол в честь святой Живоначальной Троицы. Иконы в иконостасе были работы придворного художника В.М.Пошехонова.
В 1872-78 гг. была воздвигнута 60-метровая церковь-колокольня, внутри которой находились на нижнем этаже Трапезная церковь во имя Преподобных Зосимы и Савватия, на верхнем - церковь во имя Николая Чудотворца. На колокольне было установлено 17 колоколов, из них один весом до 354 пудов, другой - 303 пуда.
В 1877-79 гг. монастырь обнесли каменной стеной с четырьмя угловыми башнями и крытой галереей для крестного хода. Общая длина стены достигала почти 1 км. В стене была устроена квадратная церковь во имя Архистратига Михаила. В угловых башнях разместились кладовые, кузница, слесарня и кельи.
В 1886 г. была воздвигнута каменная кладбищенская церковь во имя Успения Пресвятой Богородицы на месте сгоревшей в 1883 г. деревянной кладбищенской церкви. Иконостас для церкви пожертвовал соликамский купец И.А.Рязанцев. Рядом с церковью построили каменную часовню, в которой разместили противопожарный инвентарь. Монастырское кладбище, кладбищенская церковь и часовня были окружены каменной оградой.
В 1878 г. вне монастырской стены было начато строительство четырехэтажной гостиницы для приезжих. Кроме того, вне стены был построен трехэтажный дом для монастырских рабочих.
В 1882 г. была открыта церковно-приходская школа для мальчиков, в 1907 г. - богадельня для больных. В 1871 г. в монастыре жили 36 монахов и послушников, в 1889 г. число их выросло до семидесяти человек. Для них были построены 2 братских корпуса.
По количеству монашествующих Ульяновский монастырь уступал только вологодскому Горницко-Успенскому монастырю. По размерам угодий он занимал четвертое место в Вологодской епархии.
После прихода к власти в Коми крае большевиков деятельность монастыря стала сворачиваться. На пленарном заседании исполнительного областного Комитета Коми АО 9 мая 1923 г. было принято решение о закрытии монастырских церквей . Решение основывалось на декрете СНК от 23 января 1918 г. об отделении церкви от государства; В июне 1923 г. комиссия приступила к работе, церкви были опечатаны. На куполе колокольни водрузили красное знамя. Комиссия постановила выселить монахов из монастыря, церковное имущество согласно составленной описи распределить между областными учреждениями Коми АО. Акт комиссии со стороны представителей монастыря подписали игумен Амвросий (Морозов), иеромонах Тихон (Лапшин), пономарь Вениамин (Митюшев). Вес имущества Ульяновского монастыря, отправленного в Усть-Сысольск, составил 2535 пудов. Обществу друзей Воздушного Флота были переданы почти все колокола (в том числе один весом в 1012 пудов) Усть-Куломские власти не понимали, к чему запечатывают церкви, которые необходимо подвергнуть уничтожению, поэтому они попросту уничтожали все без разбору, так погибло много ценных документов, между прочим, интересные описи.
В 30-е годы Троицкий собор и большая часть монастырской стены были разобраны. В 1930г. тут находились фельдшерский пункт, сельхозопытная станция, пароходная стоянка. Во время Великой Отечественной войны в Ульяново располагался госпиталь, затем - дом для душевнобольных. В тридцатых годах был разобран верхний этаж Троицкого собора.
1960-х гг. был уничтожен первый этаж собора. То, что не успели разрушить, числилось под охраной государства. В 1969 г. комплекс монастырских зданий был взят под охрану государством как памятник церковного зодчества, но охраны как таковой не существовало. Монастырь разваливался на глазах.
В конце 1980-х гг. монастырские здания планировалось использовать для организации пансиона сыктывкарского завода «Орбита».
В июне 1994 г. в Ульяново приехала группа монахов во главе с игуменом о. Питиримом, которая вновь открыла монастырское служение. В настоящее время в восстановленном Троице-Стефановском Ульяновском монастыре живут несколько десятков монахов и послушников, занятых в основном реставрационными и строительными работами.
В 1996 году при Ульяновском монастыре было открыто духовное училище для подготовки кадров священнослужителей.
Ценные предметы культа, вывезенные из Ульяновского монастыря в 20 - е. годы прошлого столетия, и хранившиеся до сих пор в фондах Национального музея, были ему торжественно возвращены обратно. В числе уникальных вещей именной крест митрополита Филарета, посох архимандрита Матфея, а также фигура Иисуса Христа в темнице (Сидящий Иисус) из дерева («Комсомольская Правда», 10 августа 2001).
Сейчас монастырь включает в себя 6 действующих храмов и одну часовню, где проживают двадцать четыре монаха, пять священников, два диакона и примерно 20 трудников. В монастыре воспитывается четверо детей-сирот.
Монастырь владеет 550 га земли, на которых выращивает картофель и другие овощи. Также монахи держат домашний скот, собирают грибы-ягоды.
При монастыре есть гостиничные комнаты где паломники и туристы могут пожить несколько дней. Проживание бесплатное.
Многими турфирмами города (Вертастур и др.) в Ульяновский монастырь проводятся однодневные экскурсии «Туры выходного дня» - ознакомление с историей Коми, посещение храма, экскурсия по монастырской обители, чаепитие в трапезной. Проезд на туристических автобусах. Время в пути от Сыктывкара до Ульяново 2,5 часа (190 км).