Этот средневековый храм своей архитектурой напоминает армянские церкви XIII-XIV веков: квадратное здание увенчанное куполом на восьмигранном барабане с узкими окнами. Точное время его постройки не известно, принято считать, что он построен в XIV веке, но скорее всего - гораздо раньше. Изначально храм был освящен в честь Иоанна Предтечи. Позже церковь перестраивалась: со стороны главного входа пристроили довольно вместительное помещение - благодаря этому храм мог принимать большее количество прихожан.
Храм был расписан удивительно красивыми фресками, фрагменты которых сохранились до наших дней. В 1927 году средневековые храмы осматривала реставрационная комиссия, в состав которой входил русский художник и искусствовед И.Э. Грабарь. Он предположил, что некоторые фрески храма принадлежат кисти знаменитого византийского живописца Феофана Грека (1340-1405), выдающегося мастера фрески, иконописи, миниатюры. В 70-е годы XIV века он работал в России. Сохранились выполненные им иконы в Благовещенском соборе в Москве и фрески церкви Спаса-на-Ильине в Новгороде.
В 1475 году Крымом овладели турки. Феодосия переименованная в Кефе становится религиозным центром представителей разных конфессий. Но очевидно с течением времени церковь Иоанна Предтечи пришла в запустение, изменилось и ее название, теперь она стала карантинной. В 1887 году епископ Таврический и Симферопольский Гермоген писал: «Карантинная церковь, из дикого камня, в честь иконы Иверской Божьей Матери - в юго-восточной части Феодосии, в Карантинной слободке, населенной большей частью отставными нижними военными чинами и рабочими. Время постройки церкви не известно, но, несомненно, она существует со времени владычества генуэзцев в Феодосии. Священник Карантийной стражи Николай Трегубов с помощью благотворителей возобновил ее в 1858 году и освятил 31 августа. В 1875 году Рукавишников окрасил ее и пожертвовал три иконы в киотах за стеклом». Храм был освящен в память Иверской иконы Божией Матери.
В этом храме в 1906 году венчались Константин Федорович Богаевский и Жозефина Дуранте. К.Ф. Богаевский (1872-1943), известный русский художник- «киммериец», родился в Феодосии и жил в Карантине, здесь же находилась его мастерская. Храм иконы Иверской Божией Матери был его любимым.
В 30-е годы XX века храм был закрыт и фактически заброшен. Несмотря на то, что в советское время на Карантине создали историко-архитектурный заповедник, который охранялся законом, храм начал разрушаться и едва не погиб. Из-за споров между проектным институтом и органами архитектуры реставрационные работы не велись семь лет. Тем временем вода через дыры в прохудившейся крыше залила стены и повредила древние фрески, пол был покрыт грудами мусора и мокрого грунта. Слава Богу, что нашлись не равнодушные люди - архитекторы, искусствоведы, музейные работники, которые смогли убедить власти в необходимости срочно спасти храм. Реставрационные работы консультировал архитектор и скульптор Валерий Замеховский. Были проведены дренажные работы, уровень земли понизили на 60-70 сантиметров, церковный двор вымостили камнем. Помогали и будущие прихожане храма, они выносили из храма мусор, украшали двор цветниками. Реставрация храма закончилась в 1996 году, и он был возвращен верующим.