Основание Пустыни предание относит к временам глубокой древности. Автор историко-статистического описания Софрониевой Пустыни, составленного в апреле месяце 1837 года, делает предположение, что начало свое Пустынь получила вскоре после Крещения Руси, при Великом Святом князе Владимире. Весьма возможно даже, что основание ей положено кем-либо прибывшим в Россию из греков с митрополитом Михаилом монахом, ибо, по свидетельству Иллариона, «Монастыреве на горе сташа, черноризцы явишася» ( Приб. к твор.Св.отцов, п.241), а по свидетельству Нестора в царствование Ярослава, который любил черноризцев до излиха, они еще более умножились, а с ними конечно и монастыри /История Русской Православной Церкви Макария, 1. 199-200/, но несомненное существование обители предание относит к временам Великого Князя Литовского Александра Ольгедра /1345-1377/.
Возможно также что до второго нашествия татар на Южную Русь пустынь была и малочисленна по населению и скудна по средствам, как поставленная, подобно прочим обителям, по выражению летописца, «не от богатства, а слезами, пощением, молитвой, бдением»; но после неоднократных разорений Киева, в особенности после разгрома его в 1240 году, причинившего страх и ужас великий, когда не только киевляне бежали из Киева но и иноки Феодосиева монастыря /ныне Печерская Лавра/ рассеялись по дебрям и лесам, как в окресностях Киева, так и в других отдаленных местах; добрались они и до Молченских пределов.
Явление Чудотворной Иконы Божией Матери Молченской в 1405 году способствовало тому, что благосостояние Пустыни настолько изменилось, что не прошло и сотни лет после разорения Киева, как обитель Молченская возведена была на степень Архимандрии.
Наименованием же Архимандрита выражалось тогда отношение их к прочим настоятелям и первенство над ними, - что
именно и доказывало благоустроенность обители.
На давнее существование Пустыни указывает и грамота Царя и Великого Князя Алексия Михайловича от 11 марта 1653 года в которой, междупрочим, говорится, что пустынь стоит искони-вечно, выражение, которым обьясняется отдаленное
незапамятное существование.
В 1769 году, во время Турецкой войны, когда Светлейший Князь Григорий Александрович Потемкин находился с Русской армией близ сего монастыря, игумен Феодосий, узнав, что русские терпят недостаток в съестных припасах, доставлял им возможное продовольствие и в чем только мог, жертвовал для блага своих соотечественников.
Это благородное усердие до того тронуло Потемкина, что он благодарил Феодосия. Донес о нем Государине Екатерине ІІ и
обещал помнить его.
Государиня Императрица Екатерина ІІ приняла игумена с особым благоволением. Осыпав его милостынями и за преданность Отечеству положила ему пожизненную пенсию. Она велела ему просить настоятельского места, где пожелает. Феодосий просил Софрониеву Пустынь, как самую близкую к месту его родины, славившуюся тогда гостеприимством и соблюдением устава и монашеских правил по чину знаменитой Киево-Печерской Лавры.
В советское время Софрониева Пустынь была закрыта, в настоящее время эта историческая обитель возрождается с 1999 года