Построен в 1636 г. волынскими обывателями - хорунжем Даниилом Малиновским и Лаврентием Древинскнм по благословению Киевского митр. Петра Могилы.
Первоначально он находился на месте Педагогического института (бывший иезуитский коллегиум, возведенный в 1731-1743 гг.). При монастыре действовали братство, школа, типография и больница. В нерв. пол. XVIII в. обитель оказалась в руках униатов, в 1807 г. была переведена на нынешнее место, где с 1760-х гг. стояли костел и 2-этажные кельи католического монастыря. В 1839 г. униатский монастырь упразднили, а костел обратили в православный приход. В 1865 г. при храме учредили православную обитель.
Храмов было 3: соборный Богоявленский; во имя свт. Николая; во имя св. Иоанна Крестителя Господня. В начале XX в. над Святыми вратами возвели трехъярусную колокольню. При монастыре находилась братская Свято-Николаевская церковно-приходская школа.
В 1959 г. монастырь был закрыт, в 1990 г. возродился как женский.
Святыни: Кременецкая икона Божией Матери; икона св. вмч. Пантелеймона с частицей мощей, излучающей тепло; икона св. вмц. Варвары с частицей мощей.