На возвышенном склоне горы, спускающемся к пойме р. Ушайки, к востоку от исторического центра города, возвышается 6-купольный собор во имя святых первоверховных Апостолов Петра и Павла. С 17 века возвышенность эта известна в Томске как "Мухин бугор" - по имени раскаявшегося разбойника Мухи, бывшего грозой окрестных лесов на рубеже XVII-XVIII веков. До постройки храма на этом месте долгое время стоял деревянный поклонный Крест и часовня. 31 мая 1909 года состоялась торжественная закладка церкви. Чин основания храма совершил святитель Макарий (Невский). Строилась церковь на деньги, выделенные местной городской властью, и на пожертвования народа. 18 декабря 1911 года новый храм был освящен викарным епископом Иннокентием.
Главный престол храма был освящен в честь св. первоверховных Апостолов Петра и Павла, южный - в честь обретения главы св. Иоанна предтечи, а северный - в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Купола храма, увенчанные сверкающими позолотой крестами, имели небесно-лазурный цвет и были украшены вызолоченными восьмиконечными звездами. В 1920-е годы храм был захвачен раскольниками-обновленцами, а 8 февраля 1940 года церковь была совсем закрыта властями и вскоре стала складским помещением Поросинского спиртзавода. Но уже 19 октября 1944 года храм был возвращен Русской Церкви. При осмотре храма на колокольне была найдена единственная уцелевшая икона Знамения Божьей Матери и поныне находящаяся в храме.
Чудотворный образ святителя Николая.Особое внимание богомольцев, приходящих в храм, привлекает образ святителя Николая, вставленный в опаленный огнем кивот. В 1985 году в соборе вспыхнул пожар. Огонь стал быстро распространяться по храму, безжалостно уничтожая церковную утварь и другие храмовые принадлежности. Однако разбушевавшееся пламя, дойдя до иконы святителя Николая и частично опалив кивот, внезапно было остановлено молитвами Угодника Божия без всякого человеческого вмешательства. В память о чудесном спасении храма было решено не менять обгоревший кивот и до ныне обрамляющий святой образ.