Свято-Никольский монастырь в старинном поселке Могочино основан 1 октября 1989 года, когда в только открывшийся Никольский приход приехал иеромонах Иоанн (Луговских) с монахиней Ириной (Селивёрстовой). Под храм был оборудован деревенский дом. Приход приобрёл так-же 3 близлежащих дома - они и стали территорией будущего монастыря.
Строительство обители велось без централизованного финансирования, за счет пожертвований благодетелей. Причина появления такого духовного центра в «неперспективной» глубинке тесно связана с подвигом невинно сосланных сюда в период репрессий, а также с духовным очищением этих древних языческих мест, никогда не встречавшихся с церковной благодатью.
Тяжелейшие годы выпали на становление Могочинского монастыря, который основывался на пустом месте. 270 лет поселку - и никогда не было церкви. Не было и дорог. Одна дорога - это река, единственный транспорт - это теплоход и баржа.
В этих условиях строить монастырь, казалось бы, совершенно невозможно. Но ГОСПОДЬ судил иначе. Он послал сюда таких людей, которые своим трудом, своей верой подтвердили слова Господа, что «сила БОЖИЯ в немощи совешaется» (2 Кор. 12, 9).