Храм во имя Святителя Николая (Горно-Никольский) построен в 1751 году на средства брянских купцов Кольцовых вместо прежнего деревянного храма, который существовал еще в XIV веке и неоднократно перестраивался. По свидетельству летописей, в этом храме в 1310 году молился Святитель Петр, Митрополит Московский, когда жил в Брянске, желая примирить Брянских князей Святослава и Василия.
Изначально храм был трех-Престольным: центральный Престол освящен в честь Святителя Николая, правый - в честь Святого Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова, левый - в честь Безсребренников и Чудотворцев Космы и Дамиана. В первой половине ХIХ века возведена нынешняя колокольня, заменившая первоначальную.
После октябрьского переворота храм был закрыт. В 1964 году разобраны завершения здания, сделан ряд пристроек и заложены проемы колокольни. С 1971 по 1982 год храм был на реставрации, но одновременно приспособлен под брянский областной планетарий. В 1993 году был возсоздан Православный приход, однако здание храма приходу передали только 3 декабря 1999 года.
На основании ходатайства Епископа Брянского и Севского Феофилакта, Определением Священного Синода от 7 октября 2002 года № 76 приход храма был преобразован в Горно-Никольский мужской епархиальный монастырь.