Малоизвестный архивный документ, датированный 1773 годом, представляет собой описание и проектный план Енисейска, в котором размещалось 6 каменных храмов и 814 обывательских деревянных дворов. При начавшемся в XVIII веке переходе к регулярной планировке города, когда вокруг церквей стали формироваться новые площади, новый стиль оформления храмовых построек становился актуальным.
Наиболее выдающимся произведением этого периода стала Троицкая церковь, которая представляла собой вариацию на тему орнаментальных мотивов Крестовоздвиженской церкви (1794 год) - наивысшего достижения иркутских мастеров.
На территории церкви находится захоронение декабриста А.И.Якубовича (1845 год), умершего во время пересылки в енисейской больнице.
К сожалению, этот исторический памятник дошел до нас со значительными разрушениями, остатки церкви законсервированы, от них удалено движение крупного транспорта. В настоящее время идут реставрационные работы.