Кандалакша - южные рубежи Мурманской епархии, рубежи, просвещённые святым крещением около 500 лет назад. Произошло это в районе устья реки Нивы. Именно здесь, в местах зимовок Лешей Лопи, на месте нынешнего города Кандалакши, в 1526 году видим мы первые плоды просветительских трудов преподобного Феодорита Кольского, крестителя лопарей.
Таким образом, история прихода храма Рождества Иоанна Предтечи ведется с 1526 года.
29-го мая 1589 года Храм разделил участь монастыря и волости, когда «на петрово заговейно в ночи приходили немецкие люди к морю в Кандалашскую волость и на монастырь на Кандалашской. И в монастыре братию и в волости всех людей присекли, а иные в реце тонули, и монастырь, и церковь и волость пожгли и животы поимали все, а людей побили 450 человек».
Грамотой преосвященного Варсонофия от 23 октября 1751 года было разрешено ремонтировать церковь Иоанна Предтечи, а в 1768 году началось строительство новой церкви. Работа шла медленно, и лишь в 1801 году церковь открылась. Новый Храм стоял до 1940-го года, пережив нападения англичан в Крымскую войну 1855-56 гг.
Ныне действующая деревянная, шатровая, вместительная церковь была заложена 28 января 2000 года и строилась всем миром. 26 марта 2005 г. её освятил Высокопреосвященнейший Симон, архиепископ Мурманский и Мончегорский.