Троице-Сыпанов Пахомиево-Нерехтский монастырь был основан во второй половине XIV века преподобным Пахомием Нерехтским. Преподобный родился во Владимире, в то время столице великого Владимирского княжества, в семье священника Никольской церкви Игнатия, его мирское имя - Иаков. Согласно житию, преподобный принял монашество очень рано - в 12 лет - во владимирском монастыре Рождества Богородицы, одном из главных монастырей Руси, где в 1263 году был погребен великий князь Владимирский Александр Невский. Через несколько лет митрополичий наместник Алексий рукоположил его в сан диакона. После того как Алексий стал в 1353 году митрополитом Московским, он основал вблизи Владимира монастырь во имя святых Константина и Елены, чьим настоятелем он поставил преподобного Пахомия. Через какое-то время подвижник решает уйти в пустыню и там основать новую обитель. Он уходит в костромские пределы, в город Нерехту, в окрестностях которой он нашел подходящее место. Этим местом стало городище у речки Гридевки, как сказано в житии Пахомия, «зовомое от древних человек Сыпаново» (вероятно, в древности на нем находилось языческое святилище). По благословению московского святителя Алексия преподобный Пахомий основал здесь небольшой Троицкий монастырь, бывший одним из самых первых, посвященных Святой Троице после Троице-Сергиева монастыря, основанного преподобным Сергием Радонежским. В житии Пахомия не говорится о его знакомстве с прп. Сергием, но по самому факту посвящения обители мы по праву можем отнести его к числу последователей и учеников великого Радонежского игумена. При помощи местных жителей преподобный Пахомий построил Троицкий храм, кельи и другие строения. Будучи иконописцем, он сам написал храмовую икону Святой Троицы. Преподобный Пахомий скончался 21 марта 1384 года и был погребен возле алтаря построенного им храма.
Вплоть до XVII века все постройки монастыря были деревянными. Основу его ансамбля составляли два храма. Один - посвященный Животворящей Троице, и другой - в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Большое каменное строительство в обители началось во 2-й половине XVII века при игумене Харалампии (1669-1690). В 1675-1676 годах взамен старого деревянного возвели пятиглавый, бесстолпный, трехапсидный Троицкий собор. При рытье рвов для фундаментов 5 мая 1675 года были обретены мощи основателя монастыря, над местом покоения которых возвели придел во имя преподобного Пахомия. В 1679-1686 годах была построена теплая Покровская церковь, в 1683-1684 годах - шатровая колокольня, в 1676-1689 годах - игуменская и братские кельи, Святые ворота, большая часть ограды, ряд хозяйственных построек. Таким образом, к концу XVII века в обители возник замечательный каменный ансамбль, относящийся к эпохе расцвета самобытного русского зодчества.
В 1764 году, во время монастырской реформы, Троице-Сыпанов монастырь вблизи Нерехты, как и великое множество других русских обителей, был упразднен и обращен в приходскую церковь. Во второй половине XVIII века за ненадобностью часть строений (Покровская церковь, кельи, хозяйственные постройки) были разобрана. От прежнего ансамбля до наших дней дошли лишь Троицкая церковь с колокольней, Святые ворота и часть стен с двумя угловыми башнями. В XVIII-XIX веках Троицкий храм служил приходской церковью, главной святыней которой оставались покоящиеся под спудом мощи преподобного Па хомия. В 1832-1865 годах священником Троицкой церкви служил протоиерей о. Михаил Диев (1794-1866) - крупнейший знаток церковной истории края, ставший первым историком Па-хомиевой пустыни. При нем в 1830-1834 годах старый придел во имя преподобного Пахомия был расширен и перестроен в стиле классицизма по проекту костромского архитектора П. И. Фурсова. В это же время с запада к церкви пристроили обширную трапезу, объединившую храм с колокольней в одно целое.
В конце XIX века в Троицкой церкви служил священником о. Николай Новосельский, ставший достойным продолжателем исторических трудов о. Михаила Диева (опубликованная им большая работа по истории Сыпанова монастыря, и приходской церкви - является подлинной летописью этого места).
После революции закрытие древнего храма в Сыпанове с его святыней - мощами преподобного Пахомия Нерехтского - являлось только вопросом времени. Однако именно последний период жизни храма отмечен событиями, навсегда вошедшими в историю Костромской епархии.
В 1935 году священником Троицкого храма стал о. Василий Разумов (1879-1937). Только что вышедший из заключения в лагере, он был назначен на приход в селе Троице управляющим Костромской епархией архиепископом Никодимом (Кротковым). После его назначения на службы в Троицкий храм стало ходить не бывало большое количество людей (до этого церковь какое-то время находилась в руках обновленцев, и в неё ходили немногие). В 1936 году, когда власти попытались сбросить колокола с колокольни Троицкой церкви, местные жители во главе с о. Василием не дали совершиться этому преступлению. Архиепископ Костромской и Галичский Никодим очень ценил о. Василия: в 1936 году он дважды посещал село Троицу, в ноябре 1936 года наградил священника наперсным крестом. В ночь с 3 на 4 декабря 1936 года святитель Никодим был арестован в Костроме. Узнав об этом, о. Василий Разумов решился на поразительный по своему мужеству поступок. В течение нескольких месяцев он возглашал на всех службах: «Еще помолимся о заключенном нашем архиепископе Никодиме». С православной точки зрения поминовение любого заключенного является совершенно нормальным делом. Но сам только недавно вышедший из заключения, о. Василий прекрасно сознавал, на что он идет, публично молясь об арестованном святителе. 5 августа 1937 года, сразу после окончания службы, на глазах еще не разошедшихся прихожан он был арестован прямо в храме. Священника о. Василия Разумова расстреляли 21 сентября 1937 года. Святитель Никодим, за которого молились о. Василий и его прихожане, скончался в ярославской тюрьме 21 августа 1938 года. 27 марта 1995 года он был причислен к лику святых, став первым костромским святым XX века.
Лишенная священника церковь вскоре была закрыта и подверглась разгрому. В мае 1944 года верующим Нерехты удалось добиться разрешения перенести из неё большую икону с изображением преподобного Пахомия, служившую крышкой гробницы святого, в единственный из семи храмов города, избежавший закрытия, - Крестовоздвиженскую кладбищенскую церковь. Очевидцы помнят этот поразительный крестный ход, в котором участвовали почти одни женщины: ведь шла война, и до ее окончания оставался еще целый год! Впереди процессии несли икону преподобного Пахомия, на которой он был изображен во весь рост, и казалось, что святой идет вместе с людьми.
В послевоенное время церковное здание в селе Троица использовалось в качестве склада, затем склад отсюда вывели, и величавый храм, хранивший в себе мощи последователя и ученика преподобного Сергия Радонежского (к счастью, в советское время они не были вскрыты), постепенно превратился в руины...
В мае 1990 года, в Пахомиев день, когда из Нерехты сюда впервые со времен революции пришел многолюдный крестный ход во главе с епископом Костромским и Галичским Александром, отслужившим молебен у руин храма. Через три года здесь было решено возобновить монастырь, но уже в качестве женской обители. В апреле 1993 года сюда прибыла первая группа насельниц во главе с игуменьей Алексией (Ремизовой), на чьи плечи лег подвиг возрождения древней обители. Первые немногочисленные сестры, прибывшие в нашу обитель, во всей полноте испытали на себе трудности возрождения некогда прославленной святыни. Запустение, разруха, поруганные храмы, обилие мусора и отсутствие самых необходимых условий для жизни. Ныне главный храм обители - собор во имя Пресвятой Троицы восстановлен почти полностью: сооружен иконостас, оборудован алтарь, в скором времени будет восстановлено и его богатое и благолепное внутреннее убранство, прежде всего иконы и росписи.
Очень важное место в жизни обители занимает благотворительная деятельность. В 1998 году при монастыре были открыты богадельня и детский приют имени святителя Алексия, митрополита Московского. Престарелые и дети в обители окружены особенной заботой, так как среди сестер есть и медики, и педагоги, успешно применяющие в обители свои профессиональные знания. Сейчас закончено строительство нового двухэтажного корпуса для детского приюта с храмом святителя Алексия, митрополита Московского. Также в обители есть подсобное хозяйство и мастерские. Обрабатывается 20 гектаров земли, имеется небольшая ферма. Это позволяет обеспечить и насельниц, и паломников молоком и овощами. Не забыты и традиционные для монастырей в прежние времена традиции рукоделия. В монастыре имеются иконописная и швейная мастерские, работают мастерицы вышивки.
22 июля 1994 года в истории возрождающегося монастыря произошло важное событие: его посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, поклонившийся мощам преподобного Пахомия.
За прошедшее время в Троице-Сыпановом монастыре был произведен полномасштабный ремонт Троицкого собора. Реставрация Троицкого собора, памятника архитектуры ХVII века, продолжавшаяся более 10 лет, была произведена на высоком профессиональном и художественном уровне. Храм был полностью расписан в традициях древнерусской иконописной школы в технике фресковой живописи. В соборе был установлен величественный пятиярусный иконостас, иконы для которого были написаны сестрами обители. Работами по реставрации и росписи Троицкого собора руководил А.В. Алешин, преподаватель иконописи и фрески Иконописной школы при Московских Духовных академии и семинарии.
Чин освящения Троицкого собора и первую Божественную Литургию в отреставрированном храме совершил архиепископ Александр. По окончании богослужения управляющий епархией вручил Патриаршие награды настоятельнице монастыря игумении Алексии (Ремизовой) и руководителям проекта по реставрации и росписи Троицкого собора.