Ильинская церковь была построена в 1663 году или немного раньше в селе Городище, вотчине царского стольника боярина Г.И.Морозова, на его средства. После смерти Морозова село перешло к его вдове, известной стороннице старообрядческой церкви, Федосье Прокофьевне Морозовой (в девичестве Соковниной). Особенно хорошо известна картина Василия Сурикова «Боярыня Морозова», изображающая провоз мятежной боярыни по улицам Москвы. ПослеКартина "Боярыня Морозова" ареста боярыни Морозовой в 1671 году Городище в ряду прочих ее владений было конфисковано в царскую казну и стало дворцовым селом.
Изначально церковь была пятиглавой, с двумя приделами и колокольней. Ее освятили в честь Рождества Христова, а один из приделов был Ильинским, по которому храм чаще именуется также Ильинским. Вполне возможно, что на месте этого храма прежде стояла деревянная Ильинская церковь, память о которой сохранилась в названии.
С боярыней Морозовой связана история Феодосииного придела, который, по всей вероятности, был разобран вскоре после ареста боярыни новым владельцем села, боярином Б.М.Хитрово, которому Городище было пожаловано из казны в 1672 году. Разобрать придел было решено, возможно, потому, что местные почитатели Морозовой стали постоянно посещать храм и молиться за мятежную раскольницу, а этого власти, разумеется, допустить не могли.
В 1773 году храм горел, после чего реставрировался, но пришлось разобрать северный придел, а пятиглавое завершение четверика заменить одной главкой. Кровлю сделали простой четырехскатной, а не позакомарной, как было первоначально. Может быть, пятиглавие было уничтожено еще раньше, во время ремонта в 1702 году.
Церковь Илии Пророка на Городище в Костроме Храм, построенный в годы господства пышного стиля русского узорочья, украшен не очень пышно, скорее наоборот - окна обведены простыми наличниками, фризы неширокие и скромные. Только тонкий аркатурный поясок оживляет фасады храма. Зато общий силуэт его, возвышающийся на берегу Волги, очень украшает панораму этой части Костромы. Вокруг храма в 1820-х годах была построена невысокая ограда с воротами, похожая на ту, что когда-то окружала городской собор в костромском кремле.
В советское время храм не сразу был закрыт, но в 1923 году был арестован и сослан его тогдашний настоятель о.Константин. В 1930 году колокольня храма лишилась всех колоколов. В 1941 году было принято решение о сносе храма на Городищенском холме, но выполнению решения помешало начало войны. Однако храм закрыли, и долгие годы он стоял заброшенным, приходя в ветхость. В 1990 году храм был возвращен верующим и отреставрирован, и сейчас, отметив в 2003 году свое 350-летие, продолжает действовать.