Этот каменный храм начали возводить во второй половине 19 века, поначалу откликнувшись на прошение жителей находящегося на противоположном от центра города берегу Ангары предместья Глазково, поскольку верующие не могли попасть в ближайшую церковь весной и осенью, когда вскрывалась и вставала река. А вскоре получилось так, что рядом с ним пролегла Транссибирская железнодорожная магистраль, был построен пассажирский вокзал, и храм стали посещать не только местные прихожане, но и те, кто приезжал либо уезжал из Иркутска.
70 лет назад церковь закрыли и в ней разместили кинотеатр под названием "Заря". В начале 90-х годов все, что осталось от храма, объявили памятником архитектуры. Средства на его восстановление выделила Восточно-Сибирская железная дорога.
Торжественный молебен по случаю второго рождения Николо- Иннокентьевского храма совершил архиепископ Иркутский и Ангарский Вадим.