Храм святителя Афанасия Александрийского расположен в деревне Чирково, на берегу реки Кубены (неподалеку от ее впадения в Кубенское озеро).
В начале XV века на северо-восточном берегу Кубенского озера и в бассейне реки Кубены образовалось Заозерское удельное княжество. Первым князем был Димитрий Васильевич Заозерский, принадлежавший к древнему роду князей Ярославского дома, потомок святого благоверного князя Феодора Черного Смоленского († 1299; память - 18 марта и 2 октября), внук благоверного князя Василия Ярославского (†1344; память - в соборе Ростово-Ярославских святых).
Князь Димитрий унаследовал от предков христианское благочестие, милосердие и благотворительность, любовь к храму. Он построил в деревне Чирково деревянную церковь в честь своего небесного покровителя вмч. Димитрия Солунского. В первой половине XV века князь погиб при защите Ярославля. С его именем связано основание монастыря в честь Рождества Пресвятой Богородицы на возвышении берега реки Кубены рядом с деревней Чирково, называемом Лысой горой. В период польско-литовского нашествия этот монастырь запустел и на его месте во второй половине XVII века находился погост "в приход мирским людям, а на погосте церковь во имя Рождества Пречистыя Богородицы древяна да место церковное Афанасия и Кирилла Александрийских чудотворцев...»
В разное время на Лысой горе были возведены два храма.
С 1781 по 1791 год "тщанием прихожан" построена каменная церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Крестьяне Лысогорского прихода были мастеровиты. Их приглашали на строительство и в соседние приходы. Кирпич изготовляли прямо у церкви. Наконец священник Феодор Иванов посылает прошение епископу Иринею, в котором сообщает: "... холодная церковь построена... Ваше преосвященство, покорнейше прошу дабы соблаговолено было вышеописанной Рождественской храм приказать освятить и выдать новой освященной полотняной антиминс..." 7 ноября 1791 года церковь была освящена. "Она имела вид великолепный, одноэтажная, о пяти главах... внутри верх украшен узорчатой лепниной - карнизом. Живопись настенная... Иконы старинной живописи..." В советское время были изъяты из деисусного чина иконы свт. Алексия, митрополита Московского, и вмч. Георгия, датируемые второй половиной XV века. Сейчас они находятся в Вологодском музее-заповеднике. Храм Рождества Пресвятой Богородицы был закрыт в 1937 г. А в конце пятидесятых - разрушен.
Второй каменный теплый храм был построен быстрее - всего за два года, также трудами и заботами местных жителей. 29 декабря 1863 года был освящен в честь святителя Афанасия Великого. Иконостас (до настоящего времени не сохранился) был написан классным художником А.А. Скрипицыным вместе с братом. Кисти этого мастера принадлежали некоторые иконы из Спасовсеградского собора Вологды и других храмов Вологодской губернии.
Сегодня многие иконы Свято-Афанасьевского храма также находятся в постоянной экспозиции Вологодского музея-заповедника. До 1917 года здесь служили священники: о. Анатолий Левитский (почти 40 лет, его могила за алтарем церкви); о. Александр Дьяков. Последним настоятелем был уроженец Усть-Кубинского района о. Константин Тюрнин. Он окончил Вологодскую духовную семинарию, был законоучителем 1-го Закуштского земского училища и Устьянской школы ремесленных училищ. Люди его уважали и любили. Незадолго до 1937 года он был арестован и приговорен к пяти годам лишения свободы. Дальнейшая его судьба неизвестна. Свято-Афанасьевская церковь была закрыта в 1937-1947 годах. Ее подвальное помещение использовалось для хранения овощей. Осквернению она не подверглась.
21 сентября 1947 года в праздник Рождества Пресвятой Богородицы храм был вновь открыт. С 1947 года в Афанасьевской церкви служили протоиерей Димитрий Белов, иерей Николай Попов (в советское время был приговорен к 10 годам ссылки, вернулся в 66 лет, два года прослужил в этом храме, похоронен за алтарем), протоиерей Николай Антонов, схиархимандрит Симеон (Чернов), митрофорный протоиерей Александр Лукин (28 лет служил в храмах г. Харбина в Китае, вернувшись из эмиграции, три года был настоятелем Свято-Афанасьевской церкви), о. Валентин Парамонов, игумен Стефан, о. Владимир Шило и др.
21 сентября 2007 года исполнилось 60 лет возрождения в Чиркове богослужебной жизни.