В мае 1810 году купец Г. Г. Никонов выразил желание возвести на кладбище за свой счёт ещё одну каменную церковь «при самом въезде, у ворот, на правой руке», рядом с местом захоронения своих близких.
24 августа 1812 года церковь была заложена. На её сооружение, а также на утварь и украшения, купец потратил 10 тысяч рублей.
27 сентября 1814 года состоялось освящение небольшого ампирного храма во имя свт. Николая Чудотворца, покровителя моряков и корабелов. Поблизости от него хоронили корабелов.
22 октября 1870 года храм был освящён малым освящением после капитального ремонта и росписи интерьера.
В церкви находятся несколько святынь: древняя икона Христа Вседержителя и Божией Матери «Скоропослушницы», чтимые иконы из закрытых и снесённых храмов Охты и Пороховых, в том числе: прав. Иосифа Древодела, Смоленской Божией Матери и вмц. Параскевы Пятницы. Ранее все стены были сплошь увешаны заупокойными иконами.
Храм никогда не закрывался для богослужения. В 1951 году при нём выстроили отдельную звонницу, в 1976 году расширили левым приделом.