Старинное село Шкинь в XVIII в. принадлежало роду известных бояр Бибиковых. В их имении, на месте прежней деревянной церкви, был построен в 1795 - 1800 гг. по заказу генерал-майора Г.И. Бибикова величественный храм Сошествия Святого Духа, во всем подобный собору Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге. Главный престол в честь Сошествия Святого Духа располагался в летнем храме. В теплой церкви, отделенной стеклянной перегородкой, находились еще два престола: во имя Архистратига Михаила и во имя святителя Николая.
Особую роль в строительстве и благоукрашении святыни сыграл местночтимый святой-блаженный Данилушка. Его могилка находится возле стен храма и почитается верующими. Известно, что с детских лет Данилушка полюбил церковную службу, храм Божий, дружил с церковным старостой. Последний нередко оставлял мальчика у себя ночевать, брал с собою в церковь, где учил петь на клиросе. Отец Данилушки, старообрядец, сердился за это на старосту и даже жаловался на него помещику. Помещик вскоре взял Данилушку к себе, сделал слугой и хотел учить грамоте. Но однажды утром Данилушка снял с себя верхнюю одежду и сапоги и, принеся их помещику, сказал, что ходить в этом не может. С тех пор сапог и верхней одежды Данилушка не носил никогда. В праздничные дни и будни он постоянно ходил в церковь, а если в селе службы не было, то бежал в соседние села, босиком, в легкой одежде.
Достигнув совершеннолетия, Данилушка пришел в Коломну. Тут ходил по улицам, по храмам. В городе его любили, почитали как прозорливого и с радостью подавали милостыню. Собранные деньги Данилушка себе не брал, но все отдавал церковному старосте. По преданию, на эти деньги были поправлены в селе Шкинь звонницы, отлит большой колокол, весь храм расписан заново.
Когда в 1884 г. блаженный умер в возрасте 62 лет, то проводить его в последний путь пришло очень большое количество людей. Отпевание состоялось в Успенском соборе. Коломенское духовенство вначале вознамерилось похоронить Даниила в городе, но нашлось завещание блаженного с просьбой предать его земле рядом со шкиньским храмом.
Настоятелем Духовской церкви в эти годы служил священник Гавриил Воскресенский. Известно, что он был другом блаженного Данилушки, возглавлял приход около 50 лет и его искренне любили прихожане.
В советские годы храм закрыли. Западная стена была сильно разрушена, когда сбрасывали большой колокол с северной колокольни. После войны храм окончательно разорили и использовали как склад.
Церковная община возродилась в 1991 г. Одной местной жительнице однажды явился во сне преподобный Серафим Саровский, который велел ей «взыскать», то есть обрести, икону с его изображением. Явление повторилось. Вскоре образ действительно был найден, и с этого времени началось возрождение церковной жизни Духовской церкви.
В 2003 г. в празднование столетнего юбилея прославления преподобного Серафима Саровского состоялся грандиозный крестный ход со шкиньской иконой преподобного Серафима по всей Коломенской земле. В эти же дни состоялась первая Божественная литургия в главном приделе Сошествия Святого Духа.
В настоящее время храм реставрируется, но нужна помощь. Место очень благодатное, проводятся службы в приделе, святыни: чудотворная икона прп. Серафима Саровского. могилка блаженного Даниила