О времени создания храма существуют разные сведения. Известный новгородский краевед В.С. Передольский, а затем московский историк В.Л. Янин убедительно доказали, что это объясняется ошибкой, которую допустил переписчик в Новгородской третьей летописи: он соединил два разных топонима - Колмово и Коломцы. Колмово находится на левом берегу Волхова и примыкает к Неревскому концу Новгорода. Коломцы - это урочище на правом берегу, где была неолитическая стоянка у самого истока реки. В обоих местах возникли монастыри, где были Троицкие храмы. Но в конце 14 века Коломецкого монастыря уже не существовало, поэтому летописец мог перепутать похожие названия.
В Новгородской четвертой летописи говорится, что в 1392 году «Юрьи Онфифорович постави церковь святыя Богородица Успенье на Колмове, и монастырь устрои». В 1423 году строительство Колмова монастыря было продолжено: «И того же лета свершиша две церкви камены: святую Богородицю на Колмове и святого Якова на Лижищи». Янин по «Сборнику епископа Павла» восстановил имя создателя церкви Пречистой Богородицы: это была вдова Михаила Юрьевича, «Настасья Михаилова». Таким образом, каменный храм во имя Успения Пречистой Богородицы появился в Колмовом монастыре в 1423 году.
В 1526 году на кафедру владыки был прислан в Новгород архиепископ Макарий, который многое сделал и для Успенской обители в Колмово. В 1527 году Успенская церковь Колмова монастыря была возобновлена (обложена), а в 1528 году освящена. В 1530 году по его благословению была заложена каменная церковь с трапезою в монастыре на Колмове во имя Живоначальной Троицы, а в 1533 года она была завершена и освящена по благословению святителя.
Реставратор церкви Н.Н. Кузьмина отмечает, что Успенский храм 16 века сохраняет традиционное для церквей того времени плановое решение: это был квадратный, одноапсидный, четырехстолпный храм. Первоначально в храм вели три входа: в восточную часть храма - с северной и южной стороны, а в трапезную - один вход с запада. Архитектор предполагает, что рядом с диаконником в 16 веке мог находиться маленький придел. Интересно, кому он был посвящен? Отличительной особенностью Успенской церкви были не выделенные в интерьере подпружные арки, слившиеся с коробовыми сводами центрального креста. Такие архитектурные особенности присущи псковским храмам 15 века. Древний храм был создан из гладко обработанного серого известнякового камня. Большой вынос лопаток на фасадах, как в Успенской церкви, отличает обычно храмы домонгольского периода. Лопатки делят фасад (переднюю часть храма) на три части. Каждое прясло заканчивается полукруглым тимпаном закомар. Средние лопатки на западном фасаде не доходили до низа. Они заканчивались уступами в уровне низа окна. Исследования показали, что с западной стороны к церкви примыкал маленький каменный притвор. На южном фасаде к востоку от портала под слоем штукатурки был обнаружен прекрасный каменный вкладной крест - круглый, на ножке, с титлами. Первоначально храм не был оштукатурен.
Была уже в это время и колокольня - В. Духовской пишет, что она была построена в 15 веке. Надпись на древнейшем колоколе свидетельствует, что архиепископ Макарий помогал отливать и колокола для монастырей: «Божьей милостью пособием и помощью Святыя Живоначальная Троицы лета 7045 (1537) месяца Октября в 1-й день на Покров Святой Богородицы, сделан бысть колокол сей при державе царства Благоверного и Христолюбивого Великого Князя Ивана Васильевича и Государя Всея Руси и при архиепископе Великого Новгорода и Пскова Владыке Макарии, а делали псковичи Тимофей Андреев да Прокофий».
После изгнания шведов в Колмове монастыре числились «церковь Успения да трапеза камяна. Келей в монастыре и ограды нет. А пять колоколов взято при послех на пушечный двор». По переписи 1615 года писался в Колмове монастыре один храм Успенский.
В середине 17 века, по сведениям архимандрита Макария, в Колмове был пожар «что в прошлых де годах, в разоренье от свейских, немецких людей...всякие крепости пограблены, а иные в пожаре сгорели». Кроме того, его северные вотчины Ладоги и юга Обонежья были далеки и опустошены. Оскудевший монастырь в 1686 году был приписан к Архиерейскому дому и стал загородной резиденцией для летнего пребывания новгородских владык.
Расцвет монастыря приходится на 17 век. В 1698 году скончался митрополит Корнилий, и на новгородскую кафедру взошел митрополит Иов, принявший в Троице-Сергиевой лавре монашество и бывший там архимандритом.
В 1706 году митрополит Иов при монастыре основал больницу для инвалидов и первый в России воспитательный дом для сирот и незаконнорожденных детей. В келиях при церкви Успения разместились больничные палаты, трапезная для больных. Рядом с больницей - палатка, куда Иов удалялся для молитвы. Особое внимание Иов уделял детскому дому, который первоначально содержал за счет собственных доходов. Затем царская семья, вельможи присылали деньги, еду и одежду для «найденышей» (так именовал детей из воспитательного дома митрополит Иов).
Митрополит Иов приказал провести работы по благоустройству Колмова монастыря: был разбит парк, вырыты пруды для разведения рыбы. В Колмово имелось 17 ульев, а в «домовом селе» Королеве находилась молочная ферма, продукция которой предназначалась подкидышам, школьникам, «гошпитальным». В Колмов монастырь «на вечное поминовение родителей» владыка с особой благодарностью принимал вклады и деньгами, и «коровками». Забота митрополита об обители проявлялась в разных формах. Так, в сентябре 1713 года он обращается и к старорусскому коменданту, и к петербургскому вице-губернатору в поисках «железа белого...на церковные главы в Колмов монастырь». В 1764 году в Новгородской епархии было упразднено 73 монастыря, в том числе и Колмовский Успенский мужской монастырь. Храм Успения Пресвятой Богородицы был обращен в приходскую церковь. В 18 веке Успенский храм стал тюремной церковью. Можно предположить, что это было связано со строительством большой мощеной дороги, которая в 18 веке соединила Санкт-Петербург и Москву. С этого времени в Колмово стали останавливаться императоры и святители во время проезда через Новгород.
В 1783 году Екатерина II издаёт указ, по которому повелева¬лось «в Новгороде больницу, дома рабочий и смирительный построить в опустевшем монастыре Колмове». Еще до этого указом Петра Третьего по заграничному образцу в Колмове была создана больница для умалишенных. Затем, видимо, через храм стали проходить этапы заключенных, которых отправляли в Сибирь. По крайней мере, уже в 1834 году среди прихожан храма числятся заключенные Тюремного Замка.
В 1865 году был упразднен Приказ общественного призрения и Колмовские богоугодные заведения, церковь Успения с причтом перешли в ведение и на иждивение губернского земства, что привело к улучшению состояния богоугодных заведений при Успенском храме. В 1866 году здесь была построена новая каменная богодельня и начато строительство нового каменного дома для умалишенных с немалыми для того времени удобствами: были оборудованы духовые печи, проведена вентиляция, сделаны ватерклозеты, ванные, душевые, «проведена свежая вода». Этого еще не было в других больницах. Рядом с храмом проводились работы по осушению земель и разведению садов и огородов.
В конце 19 века в Колмовской колонии неоднократно находился на лечении Глеб Иванович Успенский (1843-1902), писатель, который посвятил свои произведения жизни народа. Он так и не смог, видимо, соединить в себе противоположные чувства: восхищение крестьянином, который в труде находит красоту и поэзию, и ужас, боль от «нравственного расстройства», которое он видел в народной массе. В 1891 году псаломщик Успенской церкви Семен Павлович Медведский на свои средства организовал при храме школу грамотности. Сначала он стал создавать местный детский хор. Но на воскресных спевках выяснилось, что дети не знают и не понимают молитв, а также не умеют читать. Тогда Семен Медведский стал обучать их грамоте. Вскоре приходская школа грамотности (первая ступень начального церковного образования) насчитывала 32 мальчика и девочек.В феврале 1917 года на территории Колмовских заведений, рядом с церковью, создаётся ла¬зарет для раненых воинов. После 1932 года Успенская церковь была закрыта, однако подвижническая деятельность медперсонала больницы продолжалась.
В 1941 году психиатрическая больница с полным составом больных оказалась во фронтовой полосе. Медицинский персонал не оставил своих пациентов. Осенью 1941 года по распоряжению коменданта г. Новгорода капитана Руфо был арестован весь обслуживающий персонал Колмовской психиатрической больницы. Врачей и сестер отправили в Григорово, где они были расстреляны зондеркомандой СС только за то, что работали в больнице.С 1971 года под руководством Н.Н. Кузьминой начались исследовательские работы, а с 1976 года - реставрационные. Осенью 1989 года работы возобновились. Завершены они были в 1997 году. Новейшая история Успенской церкви начинается 31 августа 1997 года, когда после ремонта, в трапезной храма по благословению Высокопреосвященнейшего Льва, архиепископа Новгородского и Старорусского, было возобновлено богослужение. Указом владыки Льва настоятелем храма назначен священник Николай Ершов, который когда-то учился в Литературном институте, потом служил заведующим библиотекой Санкт-Петербургской Духовной Академии. 26 сентября 1998 года восстановленная церковь Успения Пресвятой Богородицы была освящена.