В советское время честные останки отца Стефана были перенесены на Филейское кладбище Вятки, а пустынька его была разорена. Богоборческие власти прилагали все усилия к тому, чтобы стереть память о подвижнике из людских сердец, но это им не удалось. Постоянно фиксируются чудеса, совершаемые по молитвам подвижника, в том числе многочисленные исцеления. В 1998 году была чудесно обретена келейная икона отца Стефана - чудотворный образ святого великомученика и целителя Пантелеимона с частицей его мощей.
29 октября 2001 года патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил на основании фактов непрекращающегося народного почитания подвижника и чудотворений по его молитвам совершить прославление преподобного Стефана в лике местночтимых святых Вятской епархии. 14 июля 2002 года это прославление было совершено, было составлено житие и написана икона преподобного.
Ежегодно в день памяти святого, 30 августа, от храма Новомучеников на Филейке до могилы преподобного на кладбище совершается крестный ход, собирающий в последнее время по несколько тысяч человек, рядом с могилкой построена часовня Стефана Филейского. Недалеко от основанного им монастыря облагорожен источник преподобного.